Защитники Юдойоно указывали, что он никогда не был частью правящих кругов индонезийских вооруженных сил. Номинально генерал — полковник, он получил это звание только как почетное звание после того, как вошел в состав правительства президента Абдуррахмана Вахида в 2000 году, после чего он удалился от активной военной службы. Его первым местом правительственной службы был пост Министра добывающей промышленности, но он вскоре стал министром безопасности. В 2001 году он был уволен Вахидом, которому грозил импичмент, и который, пытаясь удержать власть, потребовал, чтобы Юдойоно объявил чрезвычайное положение в стране, однако, Юдойоно отказался. Тем самым Юдойоно заложил основу для своей более поздней общенациональной репутации политического деятеля, который смотрит на вещи более прагматично и обладает независимой точкой зрения на политику своей страны. Он одобрил подавление военными силами сопротивления сепаратистов, борющихся в области Ачех. В 2004 году он оставил свой пост еще раз после возникновения разногласий с Сукамопутри.
После ухода правительства в отставку, Юдойоно принял решение побороться за высший пост своей страны. Он победил в первом раунде с небольшим перевесом и затем, в последнем туре, проведенном 20 сентября 2004 году, он победил окончательно Секарнопутри почти с 61 процентом голосов. Во время проведения предвыборной кампании ему удалось получить степень доктора по сельскохозяйственной экономике в Сельскохозяйственном Университете Богора, защитив свою диссертацию за два дня до выборов.
